При этом на протяжении всех военных лет научная деятельность музея не прерывалась. В отчете Челябинского областного краеведческого музея за 1944 год директор рассказывает о проделанной им работе.
Совместно с Челябинским областным отделением Географического общества Иван Горохов составляет картотеку полезных ископаемых региона для будущего «Географического словаря Челябинской области». А также консультирует организации, занимающиеся добычей местного растительного сырья. Для Кировского завода (Челябинский тракторный завод) Горохов подобрал литературу и составил сводку материалов по применению андалузита.
Музей участвует в работе по инструктированию сборщиков дикорастущего сырья для аптечного управления. Проведен ряд экскурсий в окрестностях Челябинска по обследованию растительного сырья. Директор музея консультирует студентов Челябинского пединститута по кристаллографии, обучает их методике определения минералов.
В 1943 году музейно-краеведческий отдел Народного комиссариата просвещения РСФСР отметил работу Челябинского областного краеведческого музея, который в годы войны имел постоянную связь с Ильменским заповедником, с Челябинской сельскохозяйственной опытной станцией, с городским Домом ученых, с облпланом, с областным отделением Всесоюзного географического общества.
В 1944 году областному музею вернули его прежнее здание, и начались работы по восстановлению экспозиции. К сожалению, здание было передано музею в сильно запущенном виде и требовало капитального ремонта.
В условиях тотального дефицита стройматериалов, при отсутствии минимального штата научных сотрудников невозможно было сразу восстановить экспозицию музея в полном виде. Лишь в начале 1946 года при поддержке Челябинского горисполкома была создана первая большая выставка «Роль Челябинска в Великой Отечественной войне 1941-1945 годов».
В 1945 году Верховный Совет СССР наградил Ивана Горохова медалью «За добрый труд в Великой Отечественной войне 1941–1945 гг.».
В начале 1950-х годов Иван Горохов обратился к руководству области с просьбой о строительстве специализированного здания для музея, но ему удалось добиться лишь разрешения на строительство второго этажа в здании церкви.
Мечта первого директора о новом здании для музея осуществилась через 36 лет после его смерти, в 2006 году...