Специализированный природно-ландшафтный и историко-археологический центр «Аркаим» был создан 17 января 1994 года постановлением Главы администрации Челябинской области В. П. Соловьёва.

Созданию предшествовали два важнейших события: обнаружение в 1987 году археологического памятника укреплённого поселения Аркаим и изъятие из хозяйственного пользования земельных участков вокруг обнаруженного памятника для организации экспериментального филиала Ильменского государственного заповедника.

Первым директором был назначен археолог Геннадий Борисович Зданович. За прошедшие годы «Аркаим» из маленького учреждения, ютившегося в нескольких вагончиках в глухой степи, превратился в одно из самых известных мест на Южном Урале, да и во всей России.

Благодаря поддержке Губернатора, Правительства и Министерства культуры Челябинской области музей-заповедник «Аркаим» сегодня стал одним из самых притягательных туристических объектов на территории Челябинской области.

Ежегодно Исторический музей Южного Урала и музей-заповедник «Аркаим» осуществляют совместные выставочные проекты, вызывающие неизменный интерес у посетителей музея.